Το Ναυτικό Μουσείο Γαλαξιδίου (ή Γαλαξειδίου, όπως είναι ορθογραφημένο στον τίτλο του), με έτος ίδρυσης το 1928, εικονογραφεί τη ζωή και τις ναυτικές επιδόσεις των κατοίκων της πόλης και, γενικότερα, της περιοχής, τα τελευταία 3000 χρόνια, από την προϊστορική περίοδο μέχρι και τις αρχές του 20ου αιώνα. Τα εκθέματα είναι προϊόν δωρεών των κατοίκων της πόλης.

Η Αρχαιολογική Συλλογή Γαλαξειδίου στεγάζεται σε μία αίθουσα του κτηρίου του Ναυτικού Μουσείου της πόλης. Το κτήριο αυτό κτίσθηκε γύρω στο 1830 και λειτούργησε ως ταπητουργείο για την απασχόληση των γυναικών των ναυτικών ως το 1870. Αργότερα λειτούργησε ως Δημαρχείο και το 1932 στεγάσθηκε σε αυτό η ναυτική Πινακοθήκη του Γαλαξειδιού. Το 1979 μεταφέρθηκαν από το Μουσείο Δελφών τα αρχαία από το Γαλαξείδι και την ευρύτερη χερσαία και θαλάσσια περιοχή του και εκτέθηκαν σε μία αίθουσα του κτηρίου, παράλληλα με τα εκθέματα του Ναυτικού Μουσείου που παρουσιάζονται στις υπόλοιπες αίθουσες.